Vom Hepatitis C-Virus sind bisher 6 verschiedene Genotypen und meherer Subtypen bekannt. Die Genotypen unterscheiden sich voneinander an bestimmten Stellen in ihrem Genom. Diese Genotypen kommen in verschiedenen Regionen der Welt unterschiedlich häufig vor. Tabelle 2 zeigt, wo der jeweilige Genotyp am häufigsten vorkommt. Der Einfluss der Genotyps auf den Verlauf der Erkrankung und auf das Ansprechen einer Therapie ist nicht genau verstanden.

Jeder HCV-Genotyp spricht unterschiedlich gut auf eine Interferon-Therapie an. Es ist bekannt, daß die HCV-Genotypen 1a, 1b und 4 weniger gut auf eine Therapie mit Standard-Interferon ansprechen als andere Genotypen. Ein kürzlich erschienener Bericht zeigt, daß die sogenannte Hochdosis-Induktionstherapie mit Interferon alfa (6 MIU täglich über 4 Wochen, danach 3 MIU dreimal pro Woche über 22 Wochen) bei Patienten mit chronischer Hepatitis C, Genotyp 2 oder 3, niedriger Viruslast und ohne Cirrhose die frühzeitige Ansprechrate erhöht und die Relapserate nach Ende der Therapie im Vergleich zum Standardregime verringert. Die Erforschung des Einflusses von Genotyp und Viruskinetik auf Krankheitsverlauf und Therapieerfolg zählen heute mit zu den wichtigsten Gebieten in der Hepatitis C-Forschung.